Depende, a penalidade de destituição da função será aplicada somente para quem é servidor de carreira (somente eles podem ocupar função de confiança). Admita que a penalidade imposta a este servidor seja a suspensão - por óbvio ele será destituído da função, mas não será demitido. Caso haja uma demissão, é claro que a função comissionada também foi para o espaço.